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Troisième

Publié le May 22, 2010 Modifié le : Sep 4, 2011

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Le  Saturday, May 22, 2010

Mesure de réaction allergique avec ImageJ

Mesure de réaction allergique avec ImageJ

  • par M. Reynoard

     

    Mesures réalisées sur une image avec ImageJ

    Niveau :

    3ème

    Contenu notionnel

    HORS PROGRAMME actuellement

    Description de l’activité :

    Utilisation d’un logiciel de mesure sur image enregistrée (bien que ImageJ permettent les captures d’écran).

    B2i :

    C.1.2 Je sais accéder aux logiciels et aux documents disponibles à partir de mon espace de travail.

    Durée :

    30 minutes

    Modalités :

    Nous allons voir dans cet article comment utiliser un logiciel de mesure, autre que Mesurim. "Mais quel intérêt ?" pensez vous. En fait si nous voulons vraiment savoir si un élève a compris un concept le fait de changer de support permet de faire le distinguo entre la simple répétition et l’intégration d’une notion.

    Il en va de même pour l’utilisation d’un logiciel. ImageJ est donc un logiciel qui permet de varier les supports (même si ce n’est pas la mode dans l’éducation nationale, pour des raisons pratiques essentiellement).

    Le concept qui est étudié maintenant est actuellement hors programme, mais cet exemple vous montre comment utiliser ImageJ, et je ne doute pas que vous puissiez trouver une utilisation qui vous sied.

    A partir d’une image de tests à différents allergènes, il sera simple de réaliser des mesures chiffrées, puis de les comparer pour déterminer quel est l’allergène qui provoque le plus de réaction. La notion de témoin est aussi un des but de cette manipulation.

    JPG - 378,5 ko
    le test dermique aux allergènes

    NEG : témoin négatif||Identification des allergènes employés||| |Intitulé|Signification| |NEG|témoin négatif| |POS|témoin positif| |GRASS|herbe| |HDM|House Dust Mite (poussière de mite dans la maison, résidu d’acariens)| |CAT|chat| |DOG|chien|

    Tout d’abord il faut lancer ImageJ. On obtient alors un bandeau flottant avec les principales commandes du logiciel.

    JPG - 102,1 ko
    Accueil ImageJ

    Ensuite il faut cliquer sur File puis Open pour ouvrir le fichier, ou alors cliquer sur note fichier image dans son dossier et le faire glisser vers ImageJ. On obtient le résultat suivant :

    JPG - 100,8 ko
    02_ouverture fichier

    Pour mettre en place l’échelle il va falloir :
    - tracer une ligne sur la règle,
    - indiquer à quelle taille réelle correspond ce trait.

    Pour tracer la ligne il suffit d’utiliser l’outil ligne. Pour indiquer sa taille réelle il faut aller dans le menu Analyse puis SetScale.

    JPG - 142,2 ko
    03_echelle

    Un fois cette échelle mise en place il suffit de dessiner des cercles autour des zones de réaction aux allergènes puis de cliquer sur Ctrl + M pour ne faire une mesure.

    JPG - 64 ko
    05_mesure

    Dans ce cas j’ai utilisé le zoom puis l’outil dessin à main levée pour faire un contour plus précis. La mesure est une mesure de surface donnée en fonction de l’échelle choisie (puisque nous avons laissé le pixel ratio à 1).

    Si jamais vous trouver qu’il y a trop d’informations dans la mesure (ce qui n’est pas mon cas, car j’ai fait la manipulation suivante), vous allez dans analyse puis Set Measurements. Ensuite vous ne cochez que Area.

    Il suffit ensuite de répéter l’opération de dessin puis mesure pour avoir un tableau comparatif des différentes mesures et déterminer un ordre d’importance pour les allergènes. Évidemment il faudra comparer ces mesures aux deux témoins.

    N’hésitez pas à utiliser ImageJ (non non je n’ai pas d’actions chez eux, si tant est qu’elle existe) mais c’est un logiciel libre, multi-plateforme et très souple dans son utilisation, même si il reste en anglais.

    Place de l’activité dans la démarche :

    Non pertinent dans ce cas (après des questions des élèves sur les allergies ?)

    Outils et logiciels nécessaires :

    - ImageJ
    - machine Java (si vous avez pris la version de ImageJ sans Java)