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Thème La Terre, la vie et l'organisation du vivant

Publié le 9 mai 2007 Modifié le : 15 mars 2021

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Le  mercredi 9 mai 2007

Le complexe enzyme-substrat

Le complexe enzyme-substrat

  • Niveau :

    Seconde et 1 Spécialité

    Contenu notionnel :

    Les propriétés des enzymes dépendent de leur configuration spatiale. Des modifications de configuration spatiale, suite à des modifications de la séquence d’acides aminés, modifient leur activité ;

    Description de l’activité :

    Utilisation de Rastop pour :

    étudier la molécule de carboxypaptidase et rechercher un site suceptible de permettre la fixation du substrat.

    comparer l’enzyme seule et l’enzyme complexée avec son substrat pour vérifier l’hypothèse précédente et pour repérer quelques acides aminés du site actif.

    comparer l’enzyme normale et une enzyme mutée, complexées avec leur substrat.

    Utilisation d’Anagène pour comparer les séquences d’acides aminés des deux molécules.

    Utilisation de Rastop pour faire apparaitre, sur les deux molécules complexées, les acides aminés différents.

    Compétences B2i :

    L.1.2 : Je sais structurer mon environnement de travail. L.2.4 : Je valide, à partir de critères définis, les résultats qu’un traitement automatique me fournit (calcul, représentation graphique, correcteur…). L.4.1 : Je sais interroger les bases documentaires à ma disposition.

    Durée :

    1 h

    Modalités :

    En binôme.

    Place de l’activité dans la démarche :

    L’étude de l’évolution de la vitesse de réaction enzymatique en fonction de la concentration en substrat a permis de mettre en évidence la saturation de l’enzyme, donc d’une fixation de l’enzyme sur le substrat. Compte tenu des spécificités de l’enzyme, une hypothèse est émise sur la complémentarité de forme entre une partie de l’enzyme et une partie du substrat.

    Outils et logiciels nécessaires :

    Rastop (fichiers cpaseul.pdb, cpasub.pdb, mut-cpasub.pdb)

    Anagène (fichier des séquences des deux carboxypeptidases)

    Voir le dossier complet sur le site Biotic de l’INRP

    Michèle Planelles, Lycée Pasquet Arles .

    Téléchargez le(s) document(s) ci-dessous et ouvrez-le(s) avec un logiciel de décompression tel que 7zip